Para el buen funcionamiento del Fondo es necesaria la existencia de un órgano, que se reúna con mucha mayor periodicidad que la Asamblea General de Afiliados. Éste debe tener unas funciones suficientemente claras e indelegables. La Junta Directiva debe servir como un vínculo entre los afiliados y el FIMBRA para que garantice el buen funcionamiento y la calidad de información que se está dando a conocer y verificar que se esté cumpliendo con las normas legales, estatutarias y de Gobierno Corporativo.